Estructura Orgánica,

Ministro de Justicia
- Jefe Gabinete Ministro
  - Área de Modernización del Sistema Penitenciario
- Unidad de Reformas Judiciales
  - Unidad Jurídica
  - Unidad de Gestión e Implementación
  - Unidad de Estudio
- Oficina de Relaciones Públicas y Comunicación Social
- Cooperación Internacional
- Auditoría Ministerial
  - Unidad de Auditoría Interna
- Oficina de Planificación y Presupuesto
  - Unidad de Proyecto
  - Depto. de Presupuestos y Finanzas
    - Oficina de Presupuesto de la Subsecretaría
  - Depto. de Estudios y Planificación
  - Unidad de Control y Gestión
- Subsecretaria de Justicia
  - División Judicial
    - Depto. Judicial
    - Unidad de Mediación
    - Depto. de Asistencia Jurídica
    - Sección Indultos
  - División Defensa Social
    - Depto. de Adultos
    - Depto. de Menores
  - División Jurídica
    - Depto. Asesorías y Estudios
      - Sección Documentación y Biblioteca
    - Unidad de Fiscalía
    - Depto. de Personas Jurídicas
      - Sección Registro de Personas Jurídicas
  - Depto. Administrativo
    - Recursos Humanos
    - Recursos Físicos
    - Sección de Partes, Archivos y Transcripciones
    - Oficina de Legalizaciones y Asesoría Administrativa
    - Sección de Administración
    - Unidad de Control Administrativo
  - Unidad de Informática
  - Secretarías Regionales Ministeriales (15)
- Servicio Nacional de Menores
- Gendarmería de Chile
- Servicio Médico Legal
- Superintendencia de Quiebras
- Servicio de Registro Civíl e Identificación
- Defensoría Penal Pública
- Corporaciones de Asistencia Judicial (4)